Pirmoji Laisvųjų krikščionių bažnyčia (LKB) Lietuvoje buvo įkurta 1989 m. Šiauliuose. Iki tol ji veikė pogrindyje. Pagrindus laisvųjų krikščionių bažnyčiai padėjo iš Rusijos ir Kazachijos į Vokietiją persikeliantys vokiečiai menonitai. Lietuvoje jie laikinai gyveno atokiuose Šiaulių rajono kaimuose. Šiems krikščionims išvykus į Vokietiją, likę įtikėjusieji rinkdavosi pamaldoms, o atsiradus teisinei galimybei įregistruoti bendruomenę, jie su džiaugsmu tai ir padarė. Menonitų bendruomenių ištakos siekia 16 a. radikaliosios reformacijos laikus. Sugrįžti prie Šventojo Rašto, kaip pirminio ir nekintamo autoriteto, sekti Jėzų kasdienybėje, praktikuoti tikėjimą bendruomenėje, padėti žmonėms susitaikyti su Dievu ir tarpusavyje, ir patiems tarnauti kaip Dievo pasiuntiniams šiame pasaulyje yra aukščiausios laisvųjų krikščionių bendruomenių vertybės. Praėjus beveik 25 metams nuo pirmosios LKB Šiauliuose įsteigimo,  2014 metais LKB tapo pasaulinės broliškųjų menonitų bažnyčios (ICOMB) nare.

Lietuvos Atgimimo laikotarpiu Vilniuje buvo nedidelė tikinčiųjų grupelė, kuri rinkdavosi Biblijos studijoms, tačiau kai kuriems tikintiesiems išvykus gyventi į užsienį ir neturint naujų dvasinių vadovų, ši tikinčiųjų grupelė išsisklaidė kas sau. 1998 metų rugpjūčio mėnesį Kanadoje baigęs baptistų seminariją į Lietuvą sugrįžta buvęs Šiaulių m. Laisvųjų krikščionių bažnyčios narys Artūras Rulinskas. Jo vizija buvo tokios pačios bendruomenės kaip Šiauliuose, subūrimas Vilniuje. Iki tol Lietuvoje jau buvo įsteigtos laisvųjų krikščionių bendruomenės Šiauliuose, Šilutėje, Klaipėdoje, Panevėžyje ir Kaune.

Artūrui atvykus į Vilnių, čia jo jau laukė prieš keletą metų į Lietuvą atvykusi ir lietuviškai kalbėti jau pramokusi amerikiečių misionierių šeima Jeff  ir Kim Paden. Suvienyti bendro troškimo – įsteigti bendruomenę Vilniuje, jie kartu pradėjo šį misionierišką darbą.

Gana greitai prie naujai steigiamos bendruomenės prisidėjo į Vilnių persikėlę iš kitų miestų laisvųjų krikščionių bendruomenių nariai. Per Šv. Rašto studijas, evangelizacinius renginius, bendravimą, sekmadienines pamaldas bendruomenė pradėjo augti ir tvirtėti. Šiuo metu laisvųjų krikščionių bažnyčią Vilniuje lanko apie 50 suaugusiųjų ir 30 vaikų.